La presencia de OIM en Paraguay data desde 1988. Sin embargo, el reconocimiento de la OIM por parte del gobierno paraguayo se remonta al 23 de abril de 1953, cuando el Paraguay se adhiere a la Organización, siendo admitido como Miembro Fundador de la misma el 30 de noviembre del año siguiente. En octubre de 1988, el Gobierno paraguayo promulgó la Ley N° 1328 sancionada por el Congreso de la Nación, por la cual se aprueba el Acuerdo con el Comité Intergubernamental para las Migraciones (CIM) acerca de los privilegios e inmunidades que se otorgarán a la organización en el Paraguay. Dicho Acuerdo había sido suscripto previamente en agosto de 1986.

El 24 de marzo de 1954, el Gobierno paraguayo aprobó la constitución del CIM por Decreto N° 3870, de modo que el Acuerdo referente a los privilegios e inmunidades de 1988 otorgadas a la organización confería a la misma el reconocimiento de su personalidad y capacidad jurídica para ejercer en el país sus funciones y alcanzar sus objetivos, a cuyo efecto había ya instalado oficinas en Asunción, a cargo de un Jefe de Misión y el personal respectivo.

En diciembre de 1993, se promulgó la Ley N° 264 que aprueba el Convenio de Cooperación entre el Gobierno del Paraguay y la OIM, a través de la cual se expresa “la voluntad común de intensificar y ampliar la cooperación entre ambas Partes, conforme con la dinámica de los programas de desarrollo, puestos en práctica por el Gobierno, y evolución de los programas y actividades llevadas a cabo por la Organización”.

En los últimos años la OIM en el Paraguay ha adquirido una nueva dimensión, fortaleciendo de esta manera sus vínculos con los organismos del gobierno que tienen competencias en materia migratoria y cuestiones afines, así como con organismos de la sociedad civil, y muy particularmente, con aquellas organizaciones que reúnen a los propios migrantes. Se destacan entre sus funciones el apoyo al fortalecimiento institucional, la gestión migratoria, y la capacitación y formación en temas migratorias de funcionarios; y en un ámbito más amplio, su participación en actividades de lucha Contra la Trata de Personas, y otras relacionadas con la migración laboral y el desarrollo humano.

Al crearse la Oficina Regional para América del Sur, con sede en Buenos Aires, la Oficina Nacional de Asunción ha consolidado su nuevo status, y la Misión del Paraguay depende desde entonces de ésta oficina. Con el propósito de coordinar las acciones, a nivel regional, se creó el Comité Regional de Coordinación y Planificación de Políticas de América del Sur, que desde el 2012 se reúne una vez por año, con la participación de representantes de todas las oficinas que la componen. Forman parte de estas reuniones representantes de la Oficina Nacional en Asunción, la cual apoya y secunda las actividades en todo lo referente a las prioridades migratorias de la República del Paraguay.